分子蒸馏是一种在高真空下操作的蒸馏方法，这时蒸气分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面之间的距离，从而可利用料液中各组分蒸发速率的差异，对液体混合物进行分离。在一定温度下，压力越低，气体分子的平均自由程越大。当蒸发空间的压力很低，且使冷凝表面靠近蒸发表面，其间的垂直距离小于气体分子的平均自由程时，从蒸发表面汽化的蒸气分子，可以不与其他分子碰撞，直接到达冷凝表面而冷凝。

首先关注到的是压强，当蒸馏温度一定的情况下，压强越小也是真空度越高，那么物料的沸点也会越低。这样一来，轻分子从蒸发面到冷凝面的阻力也会随之减少，从而到更好的分离效果。

其次是温度和速度，温度所指的是蒸发温度，而速度是进料速度，不能太快也不能太慢，否则要么会因待分离组分还未蒸发流到蒸发面底部而起不到分离作用，要么影响分离效率。